Zdravotníci v USA pomocí náhodného testování na COVID-19 sledují šíření nakažlivější formy viru, jak píše The Verge. Pacienti, u kterých byl zjištěn nový kmen koronaviru, nevycestovali ze země, což naznačuje, že nová forma viru mohla kolovat mezi lidmi daleko dříve, než byla objevena ve Velké Británii. USA provádí velmi málo analýz vzorků virů od pacientů s COVID-19, to může být důvodem, proč se na nový kmen přišlo ve Velké Británii a ne v USA.
Lékaři sledují variantu známou jako B.1.1.7 pomocí standardního testování na COVID-19. Klasické testy hledají důkazy o koronavirovém genetickém materiálu z výtěru dýchacích cest. Virus má dlouhý genom a testy obvykle hledají jen dvě nebo tři části genomu. Analýza ukázala, že nová mutace obsahuje celkem 17 různých změn oproti původnímu viru. Liší se například ve způsobu, jakým se virus váže na buňku a jak do buňky vstupuje. K největším změnám ale dochází v souvislosti s S proteinem.
Ve Velké Británii byli odborníci schopni využít právě S proteinu a jeho množství na výběžcích koronaviru ke zjištění zmutované varianty v různých částech země. Tuto strategii nyní zavádějí i některé laboratoře v USA, kde se zatím objevily dva případy nového kmenu koronaviru – v Coloradu a Kalifornii.
5/ We can see that, for example in Yorkshire, until very recently most S-dropout sequences were *not* B.1.1.7. Unfortunately this may explain why from this S-dropout data, S-dropouts have not appeared to be increasing very rapidly in this area. https://t.co/dSweNJp4yc
— Theo Sanderson (@theosanderson) December 28, 2020
Kalifornská společnost pro genomiku Helix, která provádí testování na COVID-19, také analyzuje vzorky z hlediska změn S proteinu. V říjnu výzkumný tým Helix zjistil, že 0,25 % testů zaznamenalo změnu v množství S proteinu, počátkem prosince to už bylo 0,5 %.
