V období od 9. 1. do 16. 1. 2022 (dle data odběru) má Národní referenční laboratoř (NRL) k dispozici data 40 468 provedených testů diskriminační PCR z 89 laboratoří. Varianta omikron se přenáší s vyšší účinností a k 16. 1. se její podíl pohybuje kolem 80 % vzorků vyšetřených metodou diskriminační PCR. Téměř 20 procent pozitivních vzorků pak ve sledovaném období ještě stále připadalo na variantu delta a její subvarianty.
V ČR bylo za posledních 14 dní (tj. od 03. 01. do 16. 01. 2022) zachyceno 119 504 případů SARS-CoV-2 pozitivních osob, s denním průměrem 8 536 případů, což představuje 14denní incidenci 1 116,7 infikovaných na 100 000 obyvatel. Za uvedené období je nahlášeno 2 302 hospitalizací. Celkový počet hospitalizací ke konci sledovaného období činí 1 505 osob, z toho 302 s vážným průběhem. Nejvyšší 7denní incidence COVID-19 je aktuálně hlášena v okresech Praha-západ, Praha, Praha- východ a Vsetín.
Za rok 2021 bylo k 17. 1. 2022 v ČR celogenomově sekvenováno 23 102 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků a celkem 1 245 sekvenací je s datem odběru vzorku mezi 17. prosincem a 17. lednem. I v datech celogenomové sekvenace, kam se výsledky promítají se zpožděním, už varianta omikron dosahuje 47 procent.
